人体の外表面はすべて、通常は害を与えず、むしろ有益である可能性のある物質で覆われています。 皮膚にいるこれらの常在菌は、死につつある皮膚細胞を分解したり、皮膚に開いた多くの微細な腺や毛穴から分泌されるゴミを破壊するのに役立っている。 腸管内の生物の多くは、複雑な老廃物を単純な物質に分解したり、人間の生活に不可欠な化学物質の製造を助けたりします。
たとえば溶血性連鎖球菌は、のどに何カ月も住んでいて害を与えず、突然扁桃腺炎を起こしたり、一見無害な肺炎球菌が肺炎を起こすのはなぜか、わかっていない。 同様に、インフルエンザ菌B型がのどに潜んでいても、それが体内に侵入して重症の髄膜炎を引き起こすことも理解されていない。 温度や湿度の変化などの外的要因によって宿主と寄生虫のバランスが崩れたり、新しい微生物が侵入し、環境中の何らかの要素を取り合うことによって、元の寄生虫が宿主とより激しく反応することを余儀なくされたりすることがあるのです。 感染症発症時の状態を表すのによく使われる「耐性低下」という言葉は、特定のものではなく、単に宿主の免疫系におけるあらゆる変化を意味している。
もちろん、微生物の環境は根本的に変えることができる。 抗生物質が投与されれば、体内の常在菌は死滅し、他の、より無害な生物がその代わりを務めるかもしれない。 例えば、口やのどの場合、ペニシリンによって肺炎球菌や連鎖球菌などの感受性の高い菌が死滅し、感受性の低い微生物、例えばカンジダ・アルビカンスなどが増殖して鵞口瘡(口内炎やのどの炎症)の原因となる可能性があります。 腸管では、抗生物質が通常存在する細菌性微生物のほとんどを殺してしまい、緑膿菌のような危険な細菌が増殖し、血液や体内の組織に侵入する可能性があります。 また、サルモネラ菌などの感染症が腸管に侵入した場合、抗生物質による治療が本来の目的とは異なる作用を及ぼすことがある。 サルモネラ菌を攻撃して死滅させるのではなく、腸内の正常な生物を死滅させ、他の細菌性微生物との競合がないため、サルモネラ菌が繁殖・存続できるようになるかもしれないのです
。