Versterking van Portugese controle
Tegen de jaren 1880 controleerden de Portugezen de handel en inden zij tribuut in de kustenclaves van Ibo in het noorden tot Lourenço Marques in het zuiden, maar hun vermogen om gebeurtenissen buiten die gebieden te controleren was vrij beperkt; die situatie stond echter op het punt te veranderen. Aangezien de buren van de Gazastaat regelmatig werden overvallen omdat zij weigerden schatting te betalen, begonnen zij zich steeds meer aan de zijde van de Portugezen te scharen, hetgeen door de Portugezen werd aangemoedigd en uitgebuit. In de jaren 1890 marcheerde een coalitie van Portugese troepen en Afrikaanse legers tegen de staat. Toen het leiderschap van Gaza in 1897 uiteindelijk werd verslagen, kwam zuidelijk Mozambique onder Portugees gezag te staan. Twee decennia later controleerden de Portugezen, die tegen die tijd tientallen militaire campagnes hadden gevoerd, rechtstreeks de Barue van centraal Mozambique, de Afrikaanse Portugezen van de Zambezi en Maganja da Costa prazos, de Yao van Mataka, de noordelijke Makua vorstendommen, en de noordelijke kustsjeikdommen van Angoche.
De handel in ivoor, goud, slaven, rubber, oliehoudende zaden, en een breed scala van Europese goederen ging de hele 19e eeuw door. De Europese economische belangstelling en invloed in de regio veranderden echter snel rond het midden van de eeuw als reactie op ontwikkelingen in zowel Afrika als Europa. Na de ontdekking van diamanten (in Kimberley in de jaren 1860) en goud (in Witwatersrand in de jaren 1880) was er behoefte aan Afrikaanse arbeidskrachten op de suikerplantages en in de Zuidafrikaanse havens en mijnen. Vanwege de behoefte aan arbeidskrachten waren de Europeanen vastbesloten meer controle te krijgen over stukken land en hun bewoners, ten koste van het Afrikaanse leiderschap. De gecombineerde strijd om de toegang tot mineraalhoudende gronden en de arbeidskrachten om deze te bewerken, voedde de zogenaamde “scramble” in Zuidelijk Afrika.
Portugal eiste een strook grondgebied op van het huidige Mozambique tot Angola. Hoewel de Duitsers, wier grondgebied in het noorden aan Mozambique grensde, de Portugese aanspraken aanvaardden – en zo de noordelijke grens van Mozambique vaststelden – waren de Britse aanspraken op het gebied in tegenspraak met die van Portugal, wat tot langdurige onderhandelingen leidde. De Portugese kroon had echter een zware schuld bij de Britse financiers, en het kleine land was geen partij voor het Britse leger; in 1891 werd Portugal gedwongen de Britse definitie van de westelijke en zuidelijke grenzen van Mozambique te accepteren.
Portugal had weinig hoop dat het de hele regio zelf zou kunnen ontwikkelen, en dus wendde het zich tot de bekende koloniale strategie van het verpachten van grote stukken land aan particuliere ondernemingen. Gecharterde bedrijven kregen het privilege om het land en de bevolking van specifieke gebieden te exploiteren in ruil voor de verplichting om landbouw, communicatie, sociale diensten en handel te ontwikkelen. De Mozambique Company, de Niassa Company en de Zambezia Company werden alle in de jaren 1890 op deze manier opgericht. Alle economische ontwikkeling en investeringen in infrastructuur hielden rechtstreeks verband met de belangen van het bedrijf en werden gewoonlijk op Afrikaanse kosten gedaan. Suiker-, kopra- en sisalplantages, die grotendeels afhankelijk waren van dienstplichtige arbeidskrachten, en spoorwegen die Beira met het gebied van de British South Africa Company en Brits Nyasaland naar het westen en noordwesten verbonden, werden allemaal tegen hoge kosten voor de Afrikaanse arbeidskrachten ontwikkeld en aangelegd.
De Portugese regering beëindigde uiteindelijk de charters van de grote concessiemaatschappijen, waardoor heel Mozambique onder direct Portugees bestuur kwam te staan. Tussen de jaren 1890 en de jaren 1930 werd de Portugese overheersing in Mozambique gekenmerkt door de uitbuiting van de Afrikaanse bevolking en hulpbronnen door particuliere partijen, of het nu ging om buitenlandse aandeelhouders van bedrijven of om koloniale bureaucraten en kolonisten. De meest flagrante koloniale misbruiken – dwangarbeid, gedwongen verbouw van gewassen, hoge belastingen, lage lonen, confiscatie van de meest veelbelovende gronden – deden zich voor ongeacht welke groep Europeanen het voor het zeggen had.