Ponieważ PDB udostępnia dane w domenie publicznej, dane te zostały wykorzystane w różnych innych bazach danych struktur białkowych.

Przykłady baz danych struktur białkowych obejmują (w kolejności alfabetycznej);

Database of Macromolecular Movements opisuje ruchy występujące w białkach i innych makrocząsteczkach, w szczególności z wykorzystaniem filmów Dynameomics hurtownia danych symulacji dynamiki molekularnej i analiz białek reprezentujących wszystkie znane rodziny fałd białkowych JenaLib the Jena Library of Biological Macromolecules ma na celu lepsze rozpowszechnianie informacji o trójwymiarowych strukturach biopolimerów z naciskiem na wizualizację i analizę. ModBase baza trójwymiarowych modeli białek obliczonych metodą modelowania porównawczego OCA przeglądarkowa baza danych dla struktury/funkcji białek – OCA integruje informacje z KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt i innych. OPM dostarcza przestrzennych pozycji trójwymiarowych struktur białkowych w odniesieniu do dwuwarstwy lipidowej. PDB Lite wywodzi się z OCA, PDB Lite został stworzony, aby jak najbardziej ułatwić wyszukiwanie i przeglądanie makrocząsteczek w PDB PDBsum zawiera przegląd struktur wielkocząsteczkowych w PDB, podając schematy cząsteczek w każdej strukturze oraz interakcje między nimi PDBTM Bank Danych o Białkach Transmembranowych – wybór z PDB. PDBWiki anotowana przez społeczność baza wiedzy o biologicznych strukturach molekularnych ProtCID The Protein Common Interface Database (ProtCID) jest bazą danych podobnych interfejsów białko-białko w strukturach krystalicznych białek homologicznych. Protein baza danych białek NIH, zbiór sekwencji z wielu źródeł, w tym tłumaczeń z regionów kodujących w GenBank, RefSeq i Third Party Annotation, jak również rekordów z SwissProt, PIR, PRF i PDB Proteopedia wspólna, trójwymiarowa encyklopedia białek i innych cząsteczek. Wiki, która zawiera stronę dla każdego wpisu w PDB (>100,000 stron), z widokiem Jmol, który podkreśla miejsca funkcyjne i ligandy. Oferuje łatwe w użyciu narzędzie do tworzenia scen, dzięki czemu nie trzeba uczyć się języka skryptowego Jmol, aby tworzyć niestandardowe sceny molekularne. Niestandardowe sceny są łatwo dołączane do “zielonych linków” w tekście opisowym, które wyświetlają te sceny w Jmol. ProteinLounge to baza danych białek, która zawiera wizualizacje struktury białek. Zawiera również ścieżki białkowe i sekwencje genów, w tym inne narzędzia. SCOP the Structural Classification of Proteins szczegółowy i wyczerpujący opis strukturalnych i ewolucyjnych związków pomiędzy wszystkimi białkami, których struktura jest znana. SWISS-MODEL Repozytorium baza danych anotowanych modeli białek obliczonych za pomocą modelowania homologicznego TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – wiki zaprojektowane w celu gromadzenia, udostępniania i dystrybucji informacji o trójwymiarowych strukturach białek.