Este dało swoją nazwę kulturze Este, kulturze protohistorycznej istniejącej od późnej włoskiej epoki brązu (X/IX w. p.n.e., faza protovenetyczna) do okresu rzymskiego (I w. p.n.e.), która znajdowała się na obecnym terytorium Veneto.
Giovanni Battista Tiepolo, Święta Thecla uwalniająca miasto Este od zarazy, 1758-59, w kościele Santa Tecla
W epoce żelaza Este było głównym ośrodkiem Veneti, którzy pozostawili szereg inskrypcji na przedmiotach pogrzebowych i wotywnych.
Pod koniec III wieku p.n.e. Este pokojowo przeszło pod panowanie Rzymu i stało się kolonią rzymską pod nazwą Ateste. Kiedy w 49 r. p.n.e. większość północnych Włoch otrzymała rzymskie obywatelstwo, mieszkańcy Este zostali wpisani do rzymskiego plemienia Romilia. Po bitwie pod Actium cesarz August osiedlił żołnierzy Legio V Alaudae i Legio XI Claudia na terytorium Este obejmującym Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice i Cinto Euganeo.
W późnym antyku Este zostało zniszczone i zredukowane do wsi z powodu najazdów barbarzyńców, zwłaszcza Attyli. Odrodził się ponownie dopiero w X wieku, kiedy Azzo II d’Este zbudował tam zamek i nazwał nim siebie i swoją rodzinę, zakładając tym samym Dom Este. Ród Este posiadał miasto do 1240 roku, kiedy to przeniósł swoją stolicę do Ferrary. W międzyczasie Este zostało dwukrotnie podbite przez Ezzelino da Romano III, w 1238 i 1249 roku. W XIV w. było przedmiotem sporów między Scaligeri, Carraresi i Visconti, aż w 1405 r. spontanicznie poddało się Wenecji.
Pod rządami Republiki Weneckiej Este przeżywało okres wzrostu gospodarczego, przerwany jedynie przez zarazę z 1630 r.
Po upadku Republiki w 1797 roku i wojnach napoleońskich miasto, wraz z całym regionem Veneto, stało się częścią Cesarstwa Austriackiego, aż do czasu, gdy zostało zaanektowane przez Królestwo Włoch w konsekwencji trzeciej wojny o niepodległość w 1866 roku.
.