Narzędzia z epoki kamiennej zostały odkryte na wzgórzu Sânpetru (Świętego Piotra) w pobliżu zamku i w okolicznych wioskach. Region ten był bardzo bogaty w żelazo, które było wydobywane na tym terenie od epoki żelaza przez plemiona trackie. Dackie twierdze w górach Orăştie, zwłaszcza Sarmiszegetusa, która stała się najważniejszym religijnym i politycznym centrum Dacji, znajdowała się w pobliżu Hunedoary i była zaopatrywana w produkowane tu żelazo. Pozostałości ośmiu dackich pieców żelaznych zostały znalezione na wzgórzu Sânpetru w pobliżu zamku. Odkrycie ważnych skarbów pieniężnych monet Dacian i rzymskich monet cesarskich świadczy o znaczeniu witryny.
Po Dacia została podbita około 106 AD i zamienił się w rzymskiej prowincji, żelazo bogaty region przyciągnął uwagę Rzymian, którzy zaczęli go wykorzystać poprzez budowę pieców. W Teliuc powstała “Villa Rustica”, rzymska fortyfikacja na wzgórzu Sanpetru, placówka słynnego legio XIII Gemina, którego główne castrum znajdowało się w Apullum w Dacji. Inne rzymskie artefakty zostały odkryte na terenie miasta, a także w Pestis, gdzie odkryto pozostałości rzymskiej wioski. Nowa stolica rzymskiej prowincji Dacia, Ulpia Traiana Sarmizegetusa, również znajdowała się w pobliżu.
Po rzymskim odwrocie wojskowym i administracyjnym w okresie migracji region nie miał znaczących zabytków, choć możliwe, że działalność żelazna była kontynuowana. Struktura etniczna regionu zmieniła się znacząco, przede wszystkim z Gotów, Hunów, Słowian, Peczenów, Magów i Cumans.
Trwa debata naukowa na temat przynależności etnicznej ludności Transylwanii przed podbojem węgierskim (patrz Pochodzenie Rumunów). Po 1000 r., jako część Królestwa Węgier, pod wpływem Słowian, małe waśnie polityczne wzrosła (rządzone przez knjazes). Na południe od Karpat władzę polityczną sprawowali Peczeni i Kumanowie, a Hunedoara działała jako strefa buforowa dla Korony Węgierskiej. Z czasem ludność wołoska zamieszkująca pobliskie góry wykształciła oryginalną kulturę góralską. Ich ziemie nazwano “Tara Padurenilor” (Krajem Leśników) i zaczęli oni dominować demograficznie na tym obszarze. Region ten miał również sporą populację niemieckich Sasów, kolonizatorów przywiezionych przez Koronę Węgierską po inwazji Mongołów, a później Romów, którzy migrowali z subkontynentu indyjskiego.
Pierwszy zarejestrowany dowód istnienia miasta został sporządzony w 1265 r. pod nazwą Hungnod jako centrum garbowania skór i przetwarzania wełny. Miasto Hunedoara stało się ważnym ośrodkiem wydobycia i przetwarzania żelaza w Transylwanii. “Corpus Inscriptiorum Latinorum” określa tutejszego mieszkańca jako “natas ibi, ubi ferum nascitur”, czyli “urodzony tam, gdzie rodzi się żelazo”. Jako zaplecze dla produkcji broni i narzędzi, przemysł miejski był kluczowy dla regionu.
Miasto znane jest od XIV wieku głównie jako siedziba rodu Hunyadów. 18 października 1409 roku, Voyk (Vajk po węgiersku, Voicu po rumuńsku), został nagrodzony za odwagę wojskową przez Zygmunta Luksemburskiego i otrzymał domenę Hunedoara. Pochodzenie rodu Hunyadów jest przedmiotem ciągłych sporów historyków. W tym samym dokumencie, w którym odnotowano nagrodzenie Voyka za waleczność przez Zygmunta Luksemburskiego, wspomniano również o jego trzech synach: Mogoş, Radu i Jan Hunyadi (węgierski: János Hunyadi; rumuński: Ioan de Hunedoara). Hunedoara otrzymała prawa miejskie w 1448 roku od króla Węgier. Jan Hunyadi umocnił cytadelę na szczycie starożytnej fortecy, tworząc dwie główne sale, dla Sejmu i Rycerzy. W 1448 roku w pobliżu zamku wybudowano opactwo franciszkańskie, a Jan z Capistrano, słynny włoski mnich, został wysłany przez papieża, aby zorganizować krucjatę przeciwko Turkom i zamieszkał w zamku. Jan z Capistrano stał się instrumentalne później w zachęcaniu chłopów do krucjaty, począwszy od Frankfurtu i marszu w kierunku Belgradu.
John Hunyadi był wiodącym przywódcą wojskowym w rosnącej konfrontacji z Imperium Osmańskim. Walczył w służbie Zygmunta, opanował taktykę wojskową w wojnach husyckich i stał się najbardziej zręcznym wojownikiem Węgier. Został wyniesiony i mianowany wojewodą (księciem) Transylwanii, która była wówczas autonomiczną częścią Królestwa Węgier. Wybrany regentem Węgier, zawarł koalicję z księstwami Mołdawii i Wołoszczyzny i zaangażował się w krucjaty przeciwko Turkom w celu uwolnienia Serbii i Bułgarii. Krucjata na krótki czas zjednoczyła rozbieżne siły na Bałkanach, a zwycięstwa odniesione w bitwach zdołały zabezpieczyć Królestwo Węgierskie przed okupacją osmańską na ponad sto lat. Choć zmarł w obozie wojskowym, jego syn Mátyás (Maciej Korwin) stał się później najsłynniejszym z węgierskich królów. Papież Pius II nazwał go Athleta Christi (“Mistrzem Chrystusa”) i Białym Rycerzem Wołoszczyzny.
W 1457 r. Matthias dał pozwolenie wołoskim chłopom pańszczyźnianym na budowę cerkwi, pięknie zdobionej malowidłami i zachowanej do dziś. Kontynuował umacnianie zamku i feudalnej domeny Hunedoara. Zamek Hunedoara stał się jednym z największych w średniowiecznym świecie, stanowiąc świadectwo wielkości jego rodu szlachetnych wojowników i mężów stanu, w czasach wojny i rozpaczy dla regionu, gdy Imperium Osmańskie zbliżało się do Europy Środkowej. W czasach panowania Hunyadów Hunedoara stała się rynkiem (opiddum) żelaza. Matthias Corvinus uznał miasto za obszar wolny od podatków, a przywilej ten trwał aż do XVII wieku. Liczba mieszkańców wahała się od 784 osób w 1512 roku do 896 osób w XVII wieku. Po śmierci Macieja Hunedoara przeszła w ręce jego syna, Jana (węg. János; rum. Ioan), ale i on zmarł młodo. Jego żona Beatrycze de Frangepan poślubiła w 1509 roku Georga z Hohenzollern, markiza brandenburskiego. Ale Georg de Brandenburg nie chciał zamieszkać w Hunedoarze, zamiast tego wyznaczył swojego przedstawiciela, György Stolcza.
W 1514 roku, podczas buntu chłopskiego György Dózsa, niektórzy zostali uwięzieni w zamku i prawdopodobnie torturowani. Miasto liczyło 184 domy, co na owe czasy było znaczną wielkością, a rządził nim mianowany prawosławny duchowny. W 1528 r. pożar zniszczył 124 domy. W 1534 roku, kiedy Królestwo Węgierskie zostało podbite przez Turków Osmańskich, zamek został oblężony podczas buntu Czibaka Imre, biskupa Oradei, a dwa lata później Jan Zápolya podarował zamek wraz z innymi dobrami Törökowi Bálintowi, czyniąc go najbogatszym szlachcicem Węgier. W 1557 roku Török János, prozelita reformacji, został zamordowany na zamku przez swoją niewierną żonę Kendi Annę. W 1601 roku zamek był oblegany przez wojska wołoskie Michała Chrobrego w jego kampanii – podczas gdy rządził Wołoszczyzną, Mołdawią i Siedmiogrodem – przeciwko Imperium Osmańskiemu, a także w celu zmiany wasalstwa Osmanów na Habsburgów.
Miasto i zamek przetrwały stosunkowo bez szwanku przez kontrreformację Giorgio Basty, generała Imperium Habsburgów. Do 1618 roku własność zamku przeszła w ręce rodziny Bethlen. Gabriel Bethlen, wojewoda Siedmiogrodu, umocnił i powiększył zamek, a następnie przekazał go swojemu bratankowi Stephenowi Betlenowi, który mieszkał tu ze swoją żoną Marią Széchy, słynącą z urody.
W 1634 roku w Hunedoarze powstał Węgierski Kościół Reformowany, a Imre Thököly, jeden z przywódców protestanckiego powstania antyhabsburskiego, późniejszy książę Siedmiogrodu, był właścicielem zamku i spędzał w nim wiele czasu. W 1685 roku zamek przeszedł w posiadanie Michaela Apafiego, pro-habsburskiego księcia Siedmiogrodu. W 1710 roku stary kościół został zwrócony franciszkanom, a w 1725 roku odzyskał rangę klasztorną. W tym czasie większość ludności stanowili Rumuni.
Większa część obecnej Hunedoary była w tym czasie bujną równiną, przez którą meandrowała rzeka Cerna. Pierwszy wielki piec został zbudowany w 1603 r., po nim powstały cztery kolejne. Piotra (Sanpetru), w pobliżu najbardziej odległej wieży zamku zwanej Nebojša (po serbsku “nie bój się”, wieża, która w średniowieczu była najbardziej oddalona od zamku, aby zapewnić ostatnie schronienie w przypadku oblężenia; por. Wieża Nebojša). Szyb kopalniany można oglądać do dziś. W pobliżu znajdowały się również manufaktury żelaza.
W 1667 roku istniała już huta na rzece Cerna produkująca 490 ton surówki i 66 ton żelaza do 1699 roku. W 1714 roku Georg Steinhilbert zbudował drugą, a trzecią w 1727 roku. W 1743 r. eksploatacją zajmował się już bezpośrednio skarb państwa. Z wymienionych młynów jeden znajdował się pod głównym mostem, a jego mury są obecnie w ruinie.
Pierwszy wysoki piec przemysłowy na świecie do pozyskiwania żelaza, jak twierdzono, został zbudowany w 1750 roku w Topliţa koło Hunedoara, a późniejszy w Govăşdia w 1806 roku. Oba piece można dziś zwiedzać. Drogą lądową można było do nich dotrzeć tylko przez Teliucu Inferior (wówczas Alsótelek) i Teliucu Superior (wówczas Felsőtelek). Do 2001 roku istniał system kolejki wąskotorowej zbudowanej w XIX i XX wieku, która prowadziła z zamku Hunedoara, niedaleko Zlaşti, przez 747 i 42-metrowy tunel przez góry i zapierający dech w piersiach krajobraz “Ţara Pădurenilor” (Kraj Leśników), zanim dotarła do Govăjdii. Została zdemontowana i zezłomowana na odcinku od Zlaşti do Govăjdia i Crăciuneasa przez ostatniego właściciela, firmę Talc-Dolomită Zlaşti. Ostatni zachowany system kolei wąskotorowej o długości 2,3 km (1,43 mi) z zamku Hunedoara do Zlaşti był używany przez spółkę Talc-Dolomită Zlaşti do 2007 roku. W lecie 2009 r. usunięto ostatni zachowany odcinek tej linii. Obecnie trwają starania o przywrócenie linii kolejowej dla celów turystycznych.
W XVIII i części XIX wieku, kiedy miasto Hunedoara stawało się coraz bardziej uprzemysłowione, chłopi z pobliskich regionów zaczęli przenosić się do miasta, a liczba ludności wzrosła. W sejmie reprezentowani byli tylko Niemcy, Węgrzy i Szeklerzy z Siedmiogrodu (patrz Unio Trium Nationum). Rumuni, którzy w tym czasie stanowili ok. 50% ludności, czuli się wykorzystywani i kilkakrotnie się buntowali. Chłopi z okręgu Hunedoara poparli bunt Horea, Cloşca i Crişan w 1784 roku, kiedy to bezskutecznie oblegali pobliską twierdzę Deva.
Zamek w Hunedoara dał schronienie miejscowej szlachcie i była to jego ostatnia funkcja jako obrony wojskowej. Później przedstawiciele z tego regionu zostali wysłani na rumuńskie zgromadzenia narodowe, które odbyły się w Blaj podczas rewolucji 1848 roku, gdzie Rumuni postanowili domagać się równych praw i oprzeć się próbie uzyskania przez Węgry niepodległości od domu Habsburgów. Zapoczątkowało to powstanie na małą skalę w całej Transylwanii, które zostało szybko stłumione przez armię węgierską, z wyjątkiem gór Apuseni, na północ od Hunedoary, gdzie trybun Avram Iancu walczył o utrzymanie sił węgierskich z dala od kontroli nad kopalniami złota. Kolejne niepowodzenia późniejszej monarchii austro-węgierskiej, aby spełnić żądania Rumunów wraz z kampaniami Magyarization jeszcze bardziej zaostrzyły i wyobcowały rumuńską populację Hunedoary.
Podczas I wojny światowej Rumuni z Hunedoary aktywnie wspierali Armię Rumuńską, a Rumuńskie Zgromadzenie Narodowe ogłosiło Unię Siedmiogrodu z Rumunią w 1918 roku. Po zakończeniu wojny Transylwania stała się częścią Rumunii. Rumuński populacje w i wokół miasta szybko zarobił praw politycznych i reprezentacji, a rozwój przemysłowy kontynuowane w coraz większym tempie.
Podczas II wojny światowej huty były częścią wysiłku wojennego dla Osi. Armia rumuńska straciła 700 000 żołnierzy na froncie wschodnim, a alianci, dodatkowe 400 000 żołnierzy walczących przeciwko Osi.
Po okupacji sowieckiej i późniejszym reżimie komunistycznym, przemysł był faworyzowany, a Hunedoara miała przez pewien czas największy zakład produkujący stal w Rumunii i na Bałkanach. Miasto rozrastało się, a fabryki rozrosły się tak bardzo, że dorównywały lub przekraczały rozmiar miasta. Liczba ludności również wzrosła do ponad 87.000. Drużyna piłkarska, Corvinul Hunedoara, przez długi czas była jedną z najwyżej ocenianych drużyn piłkarskich w Rumunii, rywalizując ze Steauą czy Dinamo. W mieście wybudowano duży stadion oraz inne obiekty sportowe, takie jak kryte baseny i tor łyżwiarski. Oprócz klubu sportowego Corvinul, wybudowano dwa inne kluby sportowe, Constructorul i Siderurgistul, każdy z nich oferujący inne obiekty sportowe. Inne godne uwagi budowle obejmowały teatr, kilka dużych kin, wiele szkół i liceów oraz wydział inżynierii.
Upadek komunizmu oznaczał, że stare rynki stali zniknęły, a wiele przedsiębiorstw musiało zostać zamkniętych lub porzuconych. Jednak inwestycje ze strony rumuńskich i zagranicznych przedsięwzięć kapitałowych zaczęły oferować nowe możliwości zatrudnienia dla ludności. Obecnie Arcelor-Mittal zarządza tym, co pozostało z huty. Huta obsługuje elektryczną walcownię stali nr 2, linię ciągłą oraz walcownie. Planuje się, że w roku 2007 i w latach następnych produkcja wzrośnie powyżej 500.000 ton stali. Pozostałe obiekty produkcyjne zostały rozebrane lub sprzedane prywatnym inwestorom.