Konsolidacja kontroli portugalskiej
Do lat 80. XIX w. Portugalczycy kontrolowali handel i pobierali daniny w nadmorskich enklawach od Ibo na północy do Lourenço Marques na południu, ale ich zdolność do kontrolowania wydarzeń poza tymi obszarami była dość ograniczona; ta sytuacja miała się jednak zmienić. W miarę jak sąsiedzi Państwa Gaza byli okresowo najeżdżani za odmowę płacenia trybutu, coraz częściej zaczynali sprzymierzać się z Portugalczykami, co Portugalczycy zarówno zachęcali, jak i wykorzystywali. W latach 90. XIX wieku koalicja wojsk portugalskich i armii afrykańskich wyruszyła przeciwko państwu. Kiedy w 1897 r. przywódcy Gazy zostali ostatecznie pokonani, południowy Mozambik przeszedł pod kontrolę portugalską. Dwie dekady później Portugalczycy, którzy do tego czasu przeprowadzili dziesiątki kampanii wojskowych, bezpośrednio kontrolowali Barue w środkowym Mozambiku, afrykańskich Portugalczyków w prazawodach Zambezi i Maganja da Costa, Yao z Mataka, północne wodzostwa Makua i północne nadmorskie szejkostwa Angoche.
Handel kością słoniową, złotem, niewolnikami, kauczukiem, nasionami oleistymi i szeroką gamą europejskich towarów trwał przez cały XIX wiek. Jednak europejskie zainteresowanie gospodarcze i wpływy w regionie szybko zmieniły się w połowie wieku w odpowiedzi na rozwój zarówno w Afryce i Europie. Afrykańska siła robocza była potrzebna na plantacjach cukru oraz w południowoafrykańskich portach i kopalniach po odkryciu diamentów (w Kimberley w latach 60. XIX wieku) i złota (w Witwatersrand w latach 80. XIX wieku). Ze względu na zapotrzebowanie na siłę roboczą, Europejczycy byli zdeterminowani, by zdobyć większą kontrolę nad pasmami ziemi i ich mieszkańcami kosztem afrykańskiego przywództwa. Połączona walka o dostęp do ziem mineralnych i siły roboczej do pracy je napędzał tzw “scramble” w Southern Africa.
Portugalia rościł sobie spory kawałek terytorium od dzisiejszego Mozambiku do Angoli. Chociaż Niemcy, których terytorium graniczyło z Mozambikiem od północy, zaakceptowali portugalskie roszczenia – ustanawiając północną granicę Mozambiku – brytyjskie roszczenia do tego regionu były sprzeczne z roszczeniami Portugalii, co doprowadziło do przedłużających się negocjacji. Jednak korona portugalska była poważnie zadłużona u brytyjskich finansistów, a mały kraj nie mógł się równać z brytyjską armią; w 1891 r. Portugalia została zmuszona do zaakceptowania brytyjskiej definicji zachodniej i południowej granicy Mozambiku.
Portugalia miała niewielką nadzieję na rozwój całego regionu na własną rękę, więc zwróciła się do znanej strategii kolonialnej polegającej na dzierżawie dużych połaci ziemi prywatnym firmom. Firmy te otrzymały przywilej eksploatacji ziem i ludzi na określonych obszarach w zamian za zobowiązanie do rozwoju rolnictwa, komunikacji, usług socjalnych i handlu. The Mozambique Company, the Niassa Company i the Zambezia Company zostały założone w ten sposób w latach 90-tych XIX wieku. Każdy rozwój gospodarczy i inwestycje w infrastrukturę były związane bezpośrednio z interesami firmy i zazwyczaj podejmowane na koszt Afrykanów. Plantacje cukru, kopry i sizalu zależne w dużej mierze od pracy przymusowej oraz linie kolejowe łączące Beira z terytorium Brytyjskiej Kompanii Południowej Afryki i Brytyjskiego Nyasalandu na zachodzie i północnym zachodzie zostały rozwinięte i zbudowane wysokim kosztem dla afrykańskiej siły roboczej.
Rząd portugalski w końcu wypowiedział umowy głównym firmom koncesyjnym, wprowadzając cały Mozambik pod bezpośrednie rządy Portugalii. Między 1890 a 1930 r. portugalskie rządy w Mozambiku charakteryzowały się wyzyskiem afrykańskich ludzi i zasobów przez prywatne strony, niezależnie od tego, czy byli to udziałowcy zagranicznych firm, czy kolonialni biurokraci i osadnicy. Najbardziej dotkliwe nadużycia kolonialne – praca przymusowa, przymusowa uprawa roślin, wysokie podatki, niskie płace, konfiskata najbardziej obiecujących ziem – miały miejsce niezależnie od tego, która grupa Europejczyków sprawowała kontrolę.