W NarutoEdit
Orochimaru działa jako główny antagonista dla pierwszej części serii. Po tym jak jego rodzice zostali zabici, gdy był młody, jedynym źródłem uczuć Orochimaru był jego nauczyciel-Hiruzen Sarutobi, Trzeci Hokage i jego dwóch kolegów z drużyny. Gdy dorastali, Orochimaru, Jiraiya i Tsunade stali się znani jako Legendarni Sanninowie (伝説の三忍, Densetsu no Sannin) z powodu ich wzorowych umiejętności ninja w Drugiej Wielkiej Wojnie Ninja przeciwko Hanzo. Wiele umiejętności Orochimaru związanych jest z wężami, które przywołuje, by walczyć z wieloma przeciwnikami, a jednocześnie nie narażać się na niebezpieczeństwo. Dzięki swoim eksperymentom, udało mu się dodać do swojego ciała pewne cechy podobne do węża. W swoim pragnieniu osiągnięcia nieśmiertelności i nauczenia się każdego jutsu (lit. ‘technika’), Orochimaru opracował zakazane jutsu do kradzieży ciała swojej ofiary. Chociaż jest zasadniczo nieśmiertelny, Orochimaru nauczył się, że proces ten nie może być wykonywany częściej niż raz na trzy lata.
Orochimaru pragnął więcej mocy niż można uzyskać z treningu ze swoim mistrzem i zaczął porywać wieśniaków Konohagakure do różnych eksperymentów, z Yamato wśród jego ocalałych ofiar. Nie chcąc się zmusić do skrzywdzenia Orochimaru, gdy dowiedział się o jego czynach, Hiruzen pozwolił swojemu byłemu uczniowi uciec z wioski. Orochimaru w końcu dołączył do organizacji przestępczej Akatsuki i został partnerem nieuczciwego ninja o imieniu Sasori. Jednak po nieudanej próbie kradzieży ciała Itachi Uchiha za pomocą zakazanego jutsu, aby zdobyć Sharingan (写輪眼, lit. “Copy Wheel Eye”, angielska manga: “Mirror Wheel Eye”), Orochimaru został zmuszony do opuszczenia organizacji. Następnie Orochimaru założył własną wioskę ninja, Otogakure, zamieszkałą przez lojalnych mu ninja. Służą oni głównie jako obiekty jego eksperymentów, aby stać się istotą ostateczną i jako pionki do wykonania jego brudnej roboty.
Podczas Egzaminów Chunin, Orochimaru planuje inwazję na Konohę z ninja z Sunagakure, aby nie tylko zabić Hiruzena, ale także odebrać ciało brata Itachi’ego, Sasuke Uchiha. W tym celu Orochimaru infiltruje egzamin na Chunina podczas części Lasu Śmierci, zabijając ninja z Kusagakure o imieniu Shiore, przejmuje jej tożsamość i osobiście testuje Sasuke, zanim naznaczy go Znakiem Klątwy. Stawia również czoła Naruto Uzumaki, który skutecznie opiera się gigantycznemu wężowemu jutsu Orochimaru, używając chakry Lisicy Dziewięcioogonowej. Orochimaru, używając Pieczęci Pięciu Elementów, blokuje dostęp do chakry Dziewięciu Ogonów poprzez zakłócenie równowagi oryginalnej pieczęci. Na czas trwania Egzaminów, Orochimaru czeka i potajemnie morduje Czwartego Kazekage, aby przyjąć jego tożsamość i zbliżyć się do swojego mentora, gdy zaczyna się inwazja. Jednakże, Orochimaru jest zmuszony do odwrotu, gdy Hiruzen poświęca się poprzez Pieczęć Śmierci Żniwiarza, aby odebrać Orochimaru zdolność do wykonywania jutsu, a jego siły wycofują się, podczas gdy Sunagakure dowiaduje się później o zdradzie Orochimaru. Orochimaru próbuje uzyskać pomoc od Tsunade przed poszukiwaniem innego sposobu na wyleczenie się, próbując być w stanie ponownie używać jutsu. Kiedy wszystkie jego wysiłki okazują się nieskuteczne, Orochimaru wysyła swoją Czwórkę Dźwięku po Sasuke w nadziei, że transfer ciała pozwoli mu użyć jego rąk ponownie. Kiedy Sasuke trwa zbyt długo, aby przybyć, Orochimaru jest zmuszony do przełączenia się do ciała jednego z jego więźniów zamiast, i postanawia trenować go do dnia, że będzie w stanie wziąć ciało Sasuke dla siebie.
Dwa i pół roku później, w drugiej części serii, Orochimaru konfrontuje Naruto i jego przyjaciół, gdy próbują wyśledzić Sasuke. Kiedy Sasuke próbuje zabić Naruto, Orochimaru zniechęca go wskazując na Naruto użycie w zdejmowaniu Akatsuki, a tym samym zmniejszenie liczby wrogów, których ma. Sasuke w końcu używa swojego Sharingana by unieważnić technikę Orochimaru i zachowuje kontrolę nad swoim ciałem podczas gdy uwięził w sobie duszę Orochimaru, co daje Sasuke dostęp do wielu zdolności Orochimaru w procesie. Podczas późniejszej walki Sasuke z Itachim, Sasuke jest zbyt słaby, by kontynuować tłumienie duszy Orochimaru, pozwalając Orochimaru uciec i spróbować ponownie przejąć jego ciało. Zanim będzie mógł to zrobić, Itachi zapieczętowuje go.
Po porażce Kabuto, Sasuke dowiaduje się o przetrwaniu Orochimaru, jako że Przeklęte Pieczęcie są ujawnione, aby trzymać kopie świadomości Orochimaru w nich, wraz z komórkami Orochimaru, które Kabuto wstrzyknął sobie i podporządkował. Korzystanie Przeklęta Pieczęć Orochimaru umieszczone na jego byłego ucznia Anko Mitarashi, Sasuke uwalnia Orochimaru i daje mu nowe ciało, które Jugo zapewnia z wchłoniętą część ciała Kabuto. Pomimo braku zainteresowania toczącą się wojną i wciąż pragnąc zdobyć ciało Sasuke, Orochimaru dołącza do Sasuke w jego poszukiwaniach odpowiedzi na temat natury ninja, zabierając go i Takę do sanktuarium Nara, gdzie uchyla Pieczęć Śmierci Żniwiarza i odzyskuje możliwość korzystania z ninjutsu, zanim przeniesie swoją istotę do klonu Białego Zetsu umieszczonego na Sasuke. W jego nowym ciele, Orochimaru przywraca do życia czterech pierwszych Hokage za pomocą Reanimation Jutsu, aby dać Sasuke odpowiedzi, których chce. Z ciekawości obserwując nową drogę swojego byłego ucznia, podczas gdy Madara i Obito zagrażają jego laboratoriom, Orochimaru oferuje pomoc Sojuszniczym Siłom Shinobi poprzez pomoc Tsunade i Kage oraz pomoc w ujarzmieniu Shinju. Po zakończeniu Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, wśród tych, którzy zostali złapani przez Madarę w nieskończone Tsukuyomi, zanim zostali uwolnieni, Orochimaru wznawia swoje eksperymenty z kolegami z drużyny Sasuke Taka, którzy wspierają go jako asystenci w laboratorium, chociaż Konoha pozostaje podejrzliwa wobec niego i ma go na oku na wypadek, gdyby wznowił swoje dawne eksperymenty na ludziach.
W BorutoEdit
W serii sequeli Boruto: Naruto Next Generations, która rozgrywa się 15 lat po Naruto, Orochimaru stworzył dwóch sztucznych ludzi opartych na jego DNA, nazywając najmłodszego Mitsuki, którego uważa za syna i wysyła do życia w Konoha, aby znalazł swoją własną ścieżkę życia. Pojawia się także w Naruto: The Seventh Hokage i Scarlet Spring side story z jego młodszym wyglądem zauważonym przez zdezorientowanych głównych bohaterów. W scenie poklatkowej Boruto: Naruto the Movie, Orochimaru jest widziany jak ogląda Mitsuki z kolegami z drużyny.
Pojawienie się w innych mediachEdit
Z pięciu filmów z serii, Orochimaru do tej pory pojawił się tylko w piątym filmie Naruto, Naruto Shippūden 2: Bonds. Krótko pojawia się w piątej OVA “The Cross Roads”. Orochimaru jest grywalną postacią w prawie wszystkich grach wideo z serii Naruto, w tym w serii Clash of Ninja i Ultimate Ninja. W niektórych grach wykorzystuje on warianty swoich technik, których nie widziano w anime lub mandze, a w drugiej części serii Ultimate Ninja, Sealed Arms, Orochimaru jest dostępny jako osobna postać. W Gekitō Ninja Taisen! EX 2 to pierwsze pojawienie się Orochimaru w grze wideo osadzonej w części II, a drugie to Ultimate Ninja 5.
Orochimaru pojawia się także w dwóch lekkich powieściach z tej serii: w Sasuke’s Story pomaga Sasuke w misji, dostarczając mu informacji o celu, a w Konoha Hiden pojawia się, gratulując Naruto Uzumakiemu i Hinacie Hyudze ślubu.