Wayans, dziewiąty z dziesięciorga rodzeństwa, urodził się w Nowym Jorku, w stanie Nowy Jork, jako syn Elwiry Alethii (Green), gospodyni domowej i pracownika socjalnego, oraz Howella Stoutena Wayansa, kierownika supermarketu. Jego rodzina była niegdyś Świadkami Jehowy. Wayans dorastał w Fulton Houses w dzielnicy Chelsea na Manhattanie i jest absolwentem Bayard Rustin High School for the Humanities z 1989 roku.

Na Fox’s In Living Color, zaczął jako DJ SW-1, a później stał się wyróżnionym wykonawcą, pracując z braćmi Dwayne, Keenen (twórca show), Damon, Marlon i siostra Kim.

Wraz z Marlonem, Shawn Wayans stworzył i wystąpił w sitcomie The Wayans Bros. (The WB, 1995-99) i współtworzył, współprodukował i wystąpił w filmie fabularnym Don’t Be a Menace to South Central While Drinking Your Juice in the Hood (1996), w którym Keenen również działał. Wayans gościnnie wystąpił w odcinkach MacGyvera i Hangin’ with Mr. Cooper oraz udzielił głosu Toofowi w animowanej serii dla dzieci Waynehead (opartej na prawdziwych doświadczeniach z dzieciństwa brata Damona).

Po drugoplanowym stint w dramacie gangów New Blood (1999) filmowe losy Wayansa wzrosły dramatycznie, gdy wystąpił wraz z bratem Marlonem w hitowym filmie wyreżyserowanym przez ich starszego brata Keenena: Scary Movie (1999-2000), komicznej satyrze (którą również współtworzył) na ówczesny trend horrorów takich jak Scream.

Wayans zagrał najwyraźniej zamkniętego w sobie Raya Wilkinsa, rolę, którą powtórzył w podobnie popularnym sequelu Scary Movie 2 z 2001 roku. Do tej pory Wayans nie miał żadnego udziału w kolejnych sequelach.

Utrzymał rodzinny zespół nienaruszony, kiedy on i Marlon wystąpili w reżyserowanej przez Keenen komedii Białe laski (2004), grając parę agentów FBI zmuszonych do maskarady jako rozpieszczone białe blondynki dziedziczki. Shawn otrzymał również udział w fabule i scenariuszu tego filmu. Wayans połączył się z Marlonem i Keenen ponownie na komedię 2006 Little Man, w którym Wayans działał, był współautorem i współproducentem.

.