Todas as superfícies externas do corpo humano estão cobertas com agentes que normalmente não fazem mal e podem, de facto, ser benéficos. Esses organismos comensais na pele ajudam a quebrar as células da pele moribundas ou a destruir os resíduos secretados pelas muitas glândulas e poros minúsculos que se abrem sobre a pele. Muitos dos organismos no tracto intestinal decompõem os resíduos complexos em substâncias simples e outros ajudam na fabricação de compostos químicos essenciais à vida humana.
O tracto gastrointestinal é considerado, a este respeito, como uma dessas superfícies “exteriores”, uma vez que é formado pela intuição, ou invaginação, do ectoderma, ou superfície exterior do corpo. A boca, nariz e seios nasais (espaços dentro dos ossos da face) também são considerados estruturas externas, devido ao seu contato direto com o ambiente externo. Tanto o trato gastrointestinal como a boca, o nariz e os seios nasais são fortemente povoados por microorganismos, alguns dos quais são verdadeiros comensais – vivendo em humanos e derivando seu sustento das células da superfície do corpo sem fazer nenhum dano – e outros são indistinguíveis de germes de doenças. Estes últimos podem viver como verdadeiros comensais num tracto particular de um ser humano e nunca causar doenças, apesar do seu potencial para o fazer. Quando o ambiente é alterado, porém, eles são capazes de causar doenças graves em seu hospedeiro, ou, sem prejudicar o hospedeiro, podem infectar outra pessoa com uma doença grave.
Não se sabe por que, por exemplo, a bactéria estreptococo hemolítico pode viver por meses na garganta sem causar danos e, de repente, causar um ataque agudo de amigdalite ou como um pneumococo aparentemente inofensivo dá origem a uma pneumonia. Da mesma forma, não se compreende como uma pessoa pode carregar inofensivamente Haemophilus influenzae tipo B na garganta, mas depois ficar doente quando o organismo invade o corpo e causa uma das formas mais graves de meningite. Pode ser que influências externas, como mudanças na temperatura ou umidade, sejam suficientes para perturbar o equilíbrio entre hospedeiro e parasita ou que um novo invasor microbiano entre e, ao competir por algum elemento do ambiente, force o parasita original a reagir mais violentamente com seu hospedeiro. O termo resistência reduzida, frequentemente usado para descrever condições no início da doença infecciosa, não é específico e implica simplesmente qualquer mudança no sistema imunológico do hospedeiro.
Um ambiente de microrganismo pode ser radicalmente alterado, é claro. Se forem administrados antibióticos, os organismos comensais do corpo podem ser mortos, e outros organismos menos inocuosos podem tomar o seu lugar. Na boca e garganta, a penicilina pode erradicar pneumococos, estreptococos e outras bactérias sensíveis ao medicamento, enquanto que os microrganismos insensíveis, como os Candida albicans, podem então proliferar e causar tordo (uma condição inflamatória da boca e garganta). No trato intestinal, um antibiótico pode matar a maioria dos microorganismos bacterianos normalmente presentes e permitir que bactérias perigosas, como a Pseudomonas aeruginosa, se multipliquem e talvez invadam a corrente sanguínea e os tecidos do corpo. Se um agente infeccioso – por exemplo, a Salmonella – atinge o tracto intestinal, o tratamento com um antibiótico pode ter um efeito diferente do pretendido. Ao invés de atacar e destruir a salmonela, pode matar os habitantes normais do intestino e permitir que a salmonela floresça e persista na ausência de competição de outros microorganismos bacterianos.