Toate suprafețele exterioare ale corpului uman sunt acoperite cu agenți care, în mod normal, nu fac rău și care, de fapt, pot fi benefici. Acele organisme comensale de pe piele ajută la descompunerea celulelor muribunde ale pielii sau la distrugerea resturilor secretate de numeroasele glande și pori minusculi care se deschid pe piele. Multe dintre organismele din tractul intestinal descompun deșeurile complexe în substanțe simple, iar altele ajută la fabricarea compușilor chimici care sunt esențiali pentru viața umană.
Tractul gastrointestinal este considerat în acest sens ca fiind una dintre aceste suprafețe “exterioare”, deoarece este format prin intubarea sau invaginarea ectodermului, sau a suprafeței exterioare a corpului. Gura, nasul și sinusurile (spațiile din interiorul oaselor feței) sunt, de asemenea, considerate a fi structuri externe, datorită contactului lor direct cu mediul exterior. Atât tractul gastrointestinal, cât și gura, nasul și sinusurile sunt puternic populate cu microorganisme, dintre care unele sunt adevărate comensale – care trăiesc în oameni și își obțin hrana din celulele de la suprafața corpului fără a face vreun rău – iar altele nu se pot distinge de germenii de boală. Aceștia din urmă pot trăi ca adevărați comensali într-un anumit tract al unui om și nu pot provoca niciodată boli, în ciuda potențialului lor de a face acest lucru. Cu toate acestea, atunci când mediul este modificat, ei sunt capabili să provoace boli grave la gazda lor sau, fără a face rău gazdei lor, pot infecta o altă persoană cu o boală gravă.
Nu se știe de ce, de exemplu, bacteria streptococ hemolitic poate trăi luni de zile în gât fără a face rău și apoi să provoace brusc un atac acut de amigdalită sau cum un pneumococ aparent inofensiv dă naștere la pneumonie. În mod similar, nu se înțelege cum o persoană poate purta în mod inofensiv Haemophilus influenzae de tip B în gât, dar apoi să se îmbolnăvească atunci când organismul invadează corpul și provoacă una dintre cele mai grave forme de meningită. S-ar putea ca influențele externe, cum ar fi schimbările de temperatură sau de umiditate, să fie suficiente pentru a perturba echilibrul dintre gazdă și parazit sau ca un nou invadator microbian să pătrundă și, concurând pentru un anumit element din mediu, să forțeze parazitul inițial să reacționeze mai violent cu gazda sa. Termenul de rezistență scăzută, adesea folosit pentru a descrie condițiile de la debutul unei boli infecțioase, nu este specific și implică pur și simplu orice schimbare în sistemul imunitar al gazdei.
Mediul unui microorganism poate fi schimbat radical, desigur. Dacă se administrează antibiotice, organismele comensale ale organismului pot fi ucise, iar alte organisme mai puțin inofensive le pot lua locul. În gură și în gât, penicilina poate eradica pneumococii, streptococii și alte bacterii sensibile la medicament, în timp ce microorganismele insensibile, cum ar fi Candida albicans, pot prolifera apoi și provoca afte (o afecțiune inflamatorie a gurii și gâtului). În tractul intestinal, un antibiotic poate ucide majoritatea microorganismelor bacteriene care sunt prezente în mod normal și permite bacteriilor periculoase, cum ar fi Pseudomonas aeruginosa, să se înmulțească și, poate, să invadeze fluxul sanguin și țesuturile organismului. În cazul în care un agent infecțios – de exemplu, Salmonella – ajunge în tractul intestinal, tratamentul cu un antibiotic poate avea un efect diferit de cel scontat. În loc să atace și să distrugă salmonella, acesta poate ucide locuitorii normali ai intestinului și permite salmonellei să înflorească și să persiste în absența concurenței din partea altor microorganisme bacteriene.
.