Ihmiskehon kaikkia ulkopintoja peittävät aineet, jotka eivät tavallisesti aiheuta haittaa ja saattavat itse asiassa olla hyödyllisiä. Nämä iholla olevat yhteiseliöt auttavat hajottamaan kuolevia ihosoluja tai tuhoamaan monien iholle avautuvien pikkuruisten rauhasten ja ihohuokosten erittämiä roskia. Monet suoliston eliöistä hajottavat monimutkaisia jätteitä yksinkertaisiksi aineiksi, ja toiset auttavat ihmisen elämälle välttämättömien kemiallisten yhdisteiden valmistuksessa.
Ruoansulatuskanavaa pidetään tässä suhteessa yhtenä näistä “ulkoisista” pinnoista, koska se muodostuu ektodermin eli kehon ulkopinnan intruusiosta eli sisäänsulautumisesta. Suu, nenä ja poskiontelot (kasvojen luiden sisällä olevat tilat) katsotaan myös ulkoisiksi rakenteiksi, koska ne ovat suorassa kosketuksessa ulkoiseen ympäristöön. Sekä ruoansulatuskanavassa että suussa, nenässä ja poskionteloissa on runsaasti mikro-organismeja, joista osa on todellisia vierasperäisiä eliöeläimiä, jotka elävät ihmisessä ja saavat ravintonsa elimistön pintasoluista aiheuttamatta mitään haittaa, ja osa on taudinaiheuttajista erottamattomia. Jälkimmäiset voivat elää todellisten vierasperäisten mikrobien tavoin ihmisen tietyssä elimistössä eivätkä koskaan aiheuta tauteja, vaikka niillä on siihen mahdollisuus. Kun ympäristöä kuitenkin muutetaan, ne kykenevät aiheuttamaan isännälleen vakavan sairauden, tai ne voivat isäntäänsä vahingoittamatta tartuttaa toiselle ihmiselle vakavan sairauden.
Ei tiedetä, miksi esimerkiksi hemolyyttinen streptokokkibakteeri voi elää kuukausia kurkussa aiheuttamatta haittaa ja sitten yhtäkkiä aiheuttaa akuutin nielurisatulehduskohtauksen, tai miten näennäisesti vaaraton pneumokokki saa aikaan keuhkokuumeen. Samoin ei ymmärretä, miten henkilö voi kantaa harmitonta Haemophilus influenzae tyyppi B -bakteeria kurkussaan, mutta sairastua sitten, kun organismi tunkeutuu elimistöön ja aiheuttaa yhden vakavimmista aivokalvontulehduksen muodoista. Voi olla, että ulkoiset tekijät, kuten lämpötilan tai ilmankosteuden muutokset, riittävät horjuttamaan isännän ja loisen välistä tasapainoa tai että uusi mikrobiologinen tunkeutuja tunkeutuu elimistöön ja pakottaa kilpailemalla jostakin ympäristön osatekijästä alkuperäisen loisen reagoimaan kiivaammin isäntänsä kanssa. Termi alentunut vastustuskyky, jota käytetään usein kuvaamaan olosuhteita tartuntataudin puhkeamishetkellä, ei ole spesifinen ja tarkoittaa yksinkertaisesti mitä tahansa muutosta isännän immuunijärjestelmässä.
Mikro-organismin ympäristöä voidaan tietysti muuttaa radikaalisti. Jos antibiootteja annetaan, elimistön vierasperäiset organismit voivat kuolla, ja niiden tilalle voi tulla muita, vähemmän haitallisia organismeja. Suussa ja kurkussa penisilliini voi hävittää pneumokokit, streptokokit ja muut lääkkeelle herkät bakteerit, kun taas epäherkät mikro-organismit, kuten Candida albicans, voivat lisääntyä ja aiheuttaa sammasta (suun ja kurkun tulehdustila). Suolistossa antibiootti saattaa tappaa suurimman osan normaalisti esiintyvistä bakteerimikro-organismeista ja antaa vaarallisten bakteerien, kuten Pseudomonas aeruginosa -bakteerin, lisääntyä ja ehkä tunkeutua verenkiertoon ja kehon kudoksiin. Jos tartunnanaiheuttaja – esimerkiksi salmonella – pääsee suolistoon, antibioottihoidolla voi olla tarkoitetusta poikkeava vaikutus. Sen sijaan, että se hyökkäisi salmonellan kimppuun ja tuhoaisi sen, se saattaa tappaa suolen normaalit asukkaat ja antaa salmonellan kukoistaa ja säilyä ilman muiden bakteerimikro-organismien aiheuttamaa kilpailua.