Todas las superficies externas del cuerpo humano están cubiertas de agentes que normalmente no hacen daño y que, de hecho, pueden ser beneficiosos. Los organismos comensales de la piel ayudan a descomponer las células cutáneas moribundas o a destruir los desechos secretados por las numerosas y diminutas glándulas y poros que se abren en la piel. Muchos de los organismos del tracto intestinal descomponen productos de desecho complejos en sustancias simples, y otros ayudan en la fabricación de compuestos químicos que son esenciales para la vida humana.
El tracto gastrointestinal se considera a este respecto como una de estas superficies “externas”, ya que está formado por la intromisión, o invaginación, del ectodermo, o superficie externa, del cuerpo. La boca, la nariz y los senos paranasales (espacios dentro de los huesos de la cara) también se consideran estructuras externas por su contacto directo con el entorno exterior. Tanto el tracto gastrointestinal como la boca, la nariz y los senos paranasales están muy poblados de microorganismos, algunos de los cuales son verdaderos comensales -que viven en los seres humanos y obtienen su sustento de las células superficiales del cuerpo sin hacer ningún daño- y otros que no se distinguen de los gérmenes de la enfermedad. Estos últimos pueden vivir como verdaderos comensales en un tracto particular de un ser humano y nunca causar una enfermedad, a pesar de su potencial para hacerlo. Sin embargo, cuando se altera el entorno, son capaces de causar una enfermedad grave en su huésped o, sin dañar a su huésped, pueden infectar a otra persona con una enfermedad grave.
No se sabe por qué, por ejemplo, la bacteria del estreptococo hemolítico puede vivir durante meses en la garganta sin causar daños y luego provocar repentinamente un ataque agudo de amigdalitis o cómo un neumococo aparentemente inofensivo da lugar a una neumonía. Del mismo modo, no se entiende cómo una persona puede ser portadora inofensiva de Haemophilus influenzae tipo B en la garganta y luego enfermar cuando el organismo invade el cuerpo y provoca una de las formas más graves de meningitis. Puede ser que las influencias externas, como los cambios de temperatura o humedad, sean suficientes para alterar el equilibrio entre el huésped y el parásito o que un nuevo invasor microbiano entre y, al competir por algún elemento del entorno, obligue al parásito original a reaccionar de forma más violenta con su huésped. El término resistencia disminuida, a menudo utilizado para describir las condiciones al inicio de la enfermedad infecciosa, no es específico y simplemente implica cualquier cambio en el sistema inmunitario del huésped.
El entorno de un microorganismo puede cambiar radicalmente, por supuesto. Si se administran antibióticos, los organismos comensales del cuerpo pueden morir y otros organismos menos inocuos pueden ocupar su lugar. En la boca y la garganta, la penicilina puede erradicar los neumococos, los estreptococos y otras bacterias sensibles al fármaco, mientras que los microorganismos insensibles, como la Candida albicans, pueden proliferar y causar aftas (una enfermedad inflamatoria de la boca y la garganta). En el tracto intestinal, un antibiótico puede matar a la mayoría de los microorganismos bacterianos normalmente presentes y permitir que bacterias peligrosas, como la Pseudomonas aeruginosa, se multipliquen y quizás invadan el torrente sanguíneo y los tejidos del cuerpo. Si un agente infeccioso -por ejemplo, la Salmonella- llega al tracto intestinal, el tratamiento con un antibiótico puede tener un efecto diferente al previsto. En lugar de atacar y destruir la salmonela, puede matar a los habitantes normales del intestino y permitir que la salmonela florezca y persista en ausencia de la competencia de otros microorganismos bacterianos.