Alla människokroppens yttre ytor är täckta av ämnen som normalt inte gör någon skada och som faktiskt kan vara nyttiga. Dessa kommensalorganismer på huden hjälper till att bryta ned döende hudceller eller att förstöra skräp som utsöndras av de många små körtlar och porer som öppnar sig på huden. Många av organismerna i tarmkanalen bryter ner komplexa avfallsprodukter till enkla ämnen, och andra hjälper till med tillverkningen av kemiska föreningar som är nödvändiga för människans liv.
Mage- och tarmkanalen anses i det här avseendet vara en av dessa “yttre” ytor, eftersom den bildas genom intucking, eller invagination, av kroppens ektoderm, eller yttre yta. Munnen, näsan och bihålorna (utrymmen inuti benen i ansiktet) anses också vara yttre strukturer på grund av deras direkta kontakt med den yttre miljön. Både mag-tarmkanalen och munnen, näsan och bihålorna är starkt befolkade av mikroorganismer, varav en del är riktiga kommensaler – de lever i människan och får sin näring från kroppens ytceller utan att göra någon skada – och andra är omöjliga att skilja från sjukdomsbakterier. De sistnämnda kan leva som riktiga kommensaler i en viss kanal hos en människa och aldrig orsaka sjukdom, trots att de har potential att göra det. När miljön förändras kan de dock orsaka allvarlig sjukdom hos sin värd, eller så kan de, utan att skada sin värd, smitta en annan person med en allvarlig sjukdom.
Det är inte känt varför t.ex. den hemolytiska streptokockbakterien kan leva i månader i halsen utan att göra skada och sedan plötsligt orsaka ett akut anfall av halsfluss, eller hur en till synes ofarlig pneumokock kan ge upphov till lunginflammation. På samma sätt förstår man inte hur en person kan bära på Haemophilus influenzae typ B i halsen och sedan bli sjuk när organismen invaderar kroppen och orsakar en av de allvarligaste formerna av hjärnhinneinflammation. Det kan vara så att yttre påverkan, t.ex. förändringar i temperatur eller luftfuktighet, räcker för att rubba balansen mellan värd och parasit eller att en ny mikrobiell inkräktare kommer in och, genom att konkurrera om något element i miljön, tvingar den ursprungliga parasiten att reagera våldsammare med sin värd. Termen sänkt resistens, som ofta används för att beskriva förhållanden i början av en infektionssjukdom, är inte specifik och innebär helt enkelt en förändring i värdets immunsystem.
En mikroorganisms miljö kan naturligtvis ändras radikalt. Om antibiotika ges kan kroppens kommensala organismer dödas, och andra, mindre oskadliga organismer kan ta deras plats. I munnen och halsen kan penicillin utrota pneumokocker, streptokocker och andra bakterier som är känsliga för läkemedlet, medan mikroorganismer som är okänsliga, t.ex. Candida albicans, då kan föröka sig och orsaka tröst (ett inflammatoriskt tillstånd i munnen och halsen). I tarmkanalen kan ett antibiotikum döda de flesta av de bakteriella mikroorganismer som normalt finns där och låta farliga bakterier, t.ex. Pseudomonas aeruginosa, föröka sig och kanske invadera blodomloppet och kroppens vävnader. Om ett smittämne – till exempel Salmonella – når tarmkanalen kan behandlingen med ett antibiotikum få en annan effekt än den avsedda. Istället för att angripa och förstöra salmonella kan det döda tarmens normala invånare och låta salmonella frodas och fortleva i avsaknad av konkurrens från andra bakteriella mikroorganismer.