Alle buitenoppervlakken van het menselijk lichaam zijn bedekt met agentia die normaal geen kwaad kunnen en in feite heilzaam kunnen zijn. De commensale organismen op de huid helpen bij de afbraak van afstervende huidcellen of bij de vernietiging van het afval dat wordt afgescheiden door de vele minuscule klieren en poriën die op de huid opengaan. Veel van de organismen in het darmkanaal breken complexe afvalproducten af tot eenvoudige stoffen, en andere helpen bij de vervaardiging van chemische verbindingen die essentieel zijn voor het menselijk leven.
>
Het maagdarmkanaal wordt in dit verband beschouwd als een van deze “buitenste” oppervlakken, aangezien het wordt gevormd door de intucking, of invaginatie, van het ectoderm, of buitenste oppervlak, van het lichaam. De mond, de neus en de sinussen (ruimten in de beenderen van het gezicht) worden ook als uitwendige structuren beschouwd, omdat zij in direct contact staan met de buitenwereld. Zowel het maagdarmkanaal als de mond, neus en bijholten zijn zwaar bevolkt met micro-organismen, waarvan sommige echte commensalen zijn – die bij de mens leven en hun voedsel halen uit de oppervlaktecellen van het lichaam zonder schade aan te richten – en andere niet te onderscheiden zijn van ziektekiemen. Deze laatste kunnen als echte commensalen in een bepaald kanaal van de mens leven en nooit ziekte veroorzaken, ondanks hun potentieel om dat te doen. Wanneer het milieu echter wordt veranderd, kunnen zij bij hun gastheer ernstige ziekte veroorzaken, of kunnen zij, zonder hun gastheer schade te berokkenen, een andere persoon besmetten met een ernstige ziekte.
Het is niet bekend waarom bijvoorbeeld de hemolytische streptokok bacterie maandenlang in de keel kan leven zonder schade te berokkenen en dan plotseling een acute aanval van tonsillitis kan veroorzaken, of hoe een schijnbaar onschadelijke pneumokok tot longontsteking kan leiden. Evenzo wordt niet begrepen hoe iemand onschadelijk Haemophilus influenzae type B in de keel kan dragen, maar vervolgens ziek kan worden wanneer het organisme het lichaam binnendringt en een van de ernstigste vormen van meningitis veroorzaakt. Het kan zijn dat invloeden van buitenaf, zoals veranderingen in temperatuur of vochtigheid, voldoende zijn om het evenwicht tussen gastheer en parasiet te verstoren of dat een nieuwe microbiële indringer binnenkomt en, door te concurreren om een of ander element in het milieu, de oorspronkelijke parasiet dwingt tot een heftiger reactie met zijn gastheer. De term verlaagde resistentie, die vaak wordt gebruikt om de omstandigheden bij het begin van een infectieziekte te beschrijven, is niet specifiek en impliceert eenvoudig elke verandering in het immuunsysteem van de gastheer.
De omgeving van een micro-organisme kan natuurlijk radicaal worden veranderd. Als antibiotica worden toegediend, kunnen de commensale organismen van het lichaam worden gedood, en andere, minder onschadelijke organismen kunnen hun plaats innemen. In de mond en de keel kan penicilline pneumokokken, streptokokken en andere bacteriën uitroeien die gevoelig zijn voor het geneesmiddel, terwijl ongevoelige micro-organismen, zoals Candida albicans, zich kunnen vermeerderen en spruw (een ontstekingsaandoening in de mond en de keel) kunnen veroorzaken. In het darmkanaal kan een antibioticum de meeste normaal aanwezige bacteriële micro-organismen doden en gevaarlijke bacteriën, zoals Pseudomonas aeruginosa, de kans geven zich te vermenigvuldigen en misschien de bloedbaan en de weefsels van het lichaam binnen te dringen. Als een infectieuze agens – bijvoorbeeld Salmonella – het darmkanaal bereikt, kan een behandeling met een antibioticum een ander effect hebben dan de bedoeling was. In plaats van de salmonella aan te vallen en te vernietigen, kan het de normale bewoners van de darm doden en de salmonella in staat stellen te floreren en te overleven in afwezigheid van concurrentie van andere bacteriële micro-organismen.