Wszystkie zewnętrzne powierzchnie ciała ludzkiego pokryte są czynnikami, które normalnie nie wyrządzają szkody, a w rzeczywistości mogą być korzystne. Te komensalne organizmy na skórze pomagają rozbić umierające komórki skóry lub zniszczyć resztki wydzielane przez wiele drobnych gruczołów i porów, które otwierają się na skórze. Wiele organizmów w przewodzie jelitowym rozkłada złożone produkty odpadowe na proste substancje, a inne pomagają w produkcji związków chemicznych, które są niezbędne do życia człowieka.
Przewód pokarmowy jest uważany w tym względzie za jeden z tych “zewnętrznych” powierzchni, ponieważ jest on utworzony przez intucking, lub inwazji, z ektodermy, lub zewnętrznej powierzchni, ciała. Usta, nos i zatoki (przestrzenie wewnątrz kości twarzy) są również uważane za struktury zewnętrzne ze względu na ich bezpośredni kontakt ze środowiskiem zewnętrznym. Zarówno przewód pokarmowy, jak i jama ustna, nos i zatoki są gęsto zaludnione mikroorganizmami, z których niektóre są prawdziwymi komensalami – żyjącymi w człowieku i czerpiącymi pożywienie z komórek powierzchniowych ciała bez wyrządzania jakiejkolwiek szkody – a inne są nieodróżnialne od zarazków chorobotwórczych. Te ostatnie mogą żyć jak prawdziwi komensale w określonym przewodzie u człowieka i nigdy nie wywoływać choroby, mimo że potencjalnie mogą to robić. Kiedy jednak środowisko zostanie zmienione, są one zdolne do wywołania ciężkiej choroby u swojego gospodarza lub, bez szkody dla swojego gospodarza, mogą zarazić inną osobę poważną chorobą.
Nie wiadomo, dlaczego, na przykład, bakteria paciorkowca hemolitycznego może żyć miesiącami w gardle nie wyrządzając szkody, a następnie nagle spowodować ostry atak zapalenia migdałków lub jak pozornie nieszkodliwy pneumokok daje początek zapaleniu płuc. Podobnie nie jest zrozumiałe, w jaki sposób osoba może nieszkodliwie przenosić Haemophilus influenzae typu B w gardle, a następnie zachorować, gdy organizm ten wnika do organizmu i wywołuje jedną z najcięższych form zapalenia opon mózgowych. Może się zdarzyć, że wpływy zewnętrzne, takie jak zmiany temperatury lub wilgotności, są wystarczające do zakłócenia równowagi pomiędzy żywicielem a pasożytem lub, że nowy mikrobiom inwazyjny wkracza i konkurując o jakiś element w środowisku, zmusza pierwotnego pasożyta do gwałtowniejszej reakcji ze swoim żywicielem. Termin obniżona odporność, często używany do opisania warunków na początku choroby zakaźnej, nie jest specyficzny i po prostu oznacza każdą zmianę w systemie odpornościowym gospodarza.
Środowisko mikroorganizmu może być zmienione radykalnie, oczywiście. Jeżeli podawane są antybiotyki, organizmy współżyjące z ciałem mogą zostać zabite, a inne, mniej niewinne organizmy mogą zająć ich miejsce. W jamie ustnej i gardle penicylina może zlikwidować pneumokoki, paciorkowce i inne bakterie wrażliwe na ten lek, podczas gdy mikroorganizmy niewrażliwe, takie jak Candida albicans, mogą się rozmnażać i powodować pleśniawki (stan zapalny jamy ustnej i gardła). W przewodzie jelitowym, antybiotyk może zabić większość normalnie występujących mikroorganizmów bakteryjnych i pozwolić niebezpiecznym bakteriom, takim jak Pseudomonas aeruginosa, na namnażanie się i być może inwazję do krwiobiegu i tkanek organizmu. Jeśli czynnik zakaźny – na przykład Salmonella – dotrze do przewodu jelitowego, leczenie antybiotykiem może mieć efekt odmienny od zamierzonego. Zamiast atakować i niszczyć salmonellę, może zabić normalnych mieszkańców jelita i pozwolić salmonelli kwitnąć i utrzymywać się w braku konkurencji ze strony innych mikroorganizmów bakteryjnych.
.